Der Filmfonds Wien besteht in der jetzigen Form seit dem Jahr 2000. Unter wechselnden Bezeichnungen existiert jedoch schon lange eine Filmförderung der Stadt Wien: Im November 1976 genehmigte die Wiener Landesregierung die Satzung des damaligen „Wiener Filmförderungsfonds“ und sprach ihm eine eigene Rechtspersönlichkeit als gemeinnütziger Fonds zu.
1992, getragen von einer ersten Ausgliederungswelle in der öffentlichen Verwaltung, wurde der Fonds mit einem eigenen Domizil ausgestattet und vollzog eine Neuorientierung. Der „Wiener Filmförderungsfonds“ wurde zum „Wiener Filmfinanzierungsfonds“ und ab nun durch eine*n Geschäftsführer*in geleitet, der*die gleichzeitig die Position eines*einer „Filmbeauftragten“ der Stadt Wien inne hatte. Die ersten Finanzierungsrichtlinien wurden entwickelt, die Entscheidungen traf der*die Filmbeauftragte.
1999 wurde eine tiefgreifende Reform des Fonds beschlossen, die am 5. Januar 2000 in Kraft trat. Eine Arbeitsgruppe aus Expert*innen der Branche entwickelte die neue Satzung des Fonds: Gewaltentrennung zwischen einer Geschäftsführung, einem Kuratorium (mit Aufsichtsratsfunktion) und einer unabhängigen Jury, in der – so der politische Wille – keine österreichischen Produzent*innen mehr über Anträge ihrer Kolleg*innen entscheiden sollten. Erstmals wurden internationale Expert*innen in die Jury berufen, das Kuratorium wurde mit österreichischen Branchenvertreter*innen besetzt. Die Position der Geschäftsführung wurde erstmals ausgeschrieben.
Die Förderrichtlinien wurden den zeitgemäßen Anforderungen der Filmwirtschaft angepasst und erfuhren eine wesentliche Neuerung, nämlich die Einführung der Referenzfilmförderung.
Der aktuelle Auftritt des Filmfonds Wien samt Logo besteht seit 2012.