1941 in Winterthur geboren. Nach einer Ausbildung an der Kunstgewerbeschule in Zürich inszenierte er erste Kurzfilme, darunter RONDO, der wegen seiner Kritik am Strafvollzug von der Justizdirektion Zürich des Kantons Zürich bis 1976 verboten wurde. Ab 1974 drehte Imhoof Spielfilme mit dokumentarischen Elementen. FLUCHTGEFAHR schilderte die kriminelle Karriere eines Automechanikers, der wegen einer Bagatelle in die Mühlen der Justiz gerät und nach seiner Flucht den einmal eingeschlagenen Weg fortsetzt.
Von 1970 bis 1976 war er Mitglied der Eidgenössischen Filmkommission, 1976 gründete er seine Produktionsfirma Limbo-Film AG, 1996 die Markus Imhoof Film GmbH. Imhoof lebt in Berlin.