Werner Boote wurde 1965 in Wien geboren. Er studierte Theaterwissenschaft, Publizistik und Soziologie an der Universität Wien sowie an der Wiener Universität für Musik und darstellende Kunst, Abteilung Film und Fernsehen. Nach langjährigen Regieassistenzen (u. a. bei Robert Dornhelm und Ulrich Seidl) begann Werner Boote 1993 eigene Filme zu machen. Seinen Schwerpunkt setzte er anfangs auf Musikvideos, darunter "Anouk – Sacrifice" (1999) und "Andrea Bocelli – Cieli di Toscana" (2002). Mit seinem Dokumentarfilm "Plastic Planet" (2009) gewann er die Goldene Romy in der Kategorie „Bester Kinodokumentarfilm". Zwischen 1993 und 2002 lebte und arbeitete Werner Boote in Amsterdam. Heute lebt er in Wien.